Struktur Organisasi Dinas Perhubungan Kabupaten Pulau Morotai terdiri dari :

1.    Kepala Dinas

2.    Sekretariat membawahi :

a.    Sub Bagian Keuangan, Perencanaan dan Evaluasi; dan

b.    Sub Bagian Umum dan Kepegawaian.

3.    Bidang Lalu Lintas membawahi :

a.    Seksi Manejemen Lalu Lintas Jalan dan Rekayasa Lalu Lintas Jalan; dan

b.    Seksi Analisa Dampak Lalu Lintas.

4.    Bidang Angkutan, Sarana dan Prasarana membawahi :

a.    seksi Angkutan Daram Trayek, Tidak dalam Trayek, Angkutan Barang dan Pengujian Sarana; dan

b.    Seksi Perencanaan Prasarana, Pembagunan dan Pengoprasian Prasarana.

5.    Bidang Pengembangan dan Keselamatan membawahi:

a.    Seksi Lingkungan Perhubungan, Pemaduan Moda dan Teknologi Perhubungan; dan

b.    Seksi Keselamatan.

6.    Unit Pelaksana Teknis Daerah.

7.    Kelompok Jabatan Fungsional.